1.自然基質保藏法 保藏香菇、木耳、平菇、猴頭菇等木腐菌用木屑麩皮培養基,其成分為:木屑78%、麩皮20%、石膏1%、磷肥1%。保藏草菇等草腐菌采用草粉麩皮培養基,即將木屑麩皮培養基中的木屑換成草粉。保藏蘑菇等類草腐生菌采用廄肥配方。按上述配方將料充分拌勻后,調整PH值、含水量至所保藏菌種的適應范圍,即可裝入試管,裝量為試管高度的1/2。高壓滅菌1小時,冷卻后接入所需保藏的菌種。待菌絲吃料2~3厘米后,取出接種塊,用石蠟熔封管口置黑暗、低溫、干燥處保藏,常溫下可保藏1年。
2.風干子實體保藏法 大多數食用菌子實體在失水狀態下會停止生長而進入休眠狀態,當環境適宜時又會恢復活力。根據這一原理,可采取保藏子實體的辦法來保藏菌種。具體做法是:選生長健壯、無病蟲害的幼嫩子實體及時風干,用防潮紙包好,放入裝有生石灰的塑料袋中,置干燥處保藏,可保存1~2年。取用時,用蒸餾水將所保藏的子實體泡發,待恢復自然狀態后,稍加風干,即可按組織分離法來分離菌種。
3.風干菇耳木保藏法 將所要保藏的菌種按段木栽培食用菌的辦法接入適生樹種中,當菌絲發好后,鋸取生長良好的一段,置陰涼處風干,懸掛在通風處,防止日曬、雨淋。在失水狀態下,菇耳木內的菌絲可存活1年以上。需種時,按菇耳木分離菌種的辦法即可得到純菌種。